Anette Schäfer studierte in Freiburg bei Rainer Kussmaul und in London bei David Takeno. Ihre Ausbildung ergänzte sie durch Meisterkurse bei Franco Gulli, Ricardo Odnopossof und Pinchas Zukerman. Nach ihrem ersten Engagement bei den Düsseldorfer Symphonikern ist sie seit 1991 Mitglied der Philharmoniker Hamburg.
Neben dem Orchesterspiel gilt ihre große Leidenschaft der Kammermusik.
Gemeinsam mit ihrem Mann Stefan Schäfer, dem philharmonischen Solobassisten, konzertiert sie mit dem Oktett »ensemble acht« und legte als Primaria zahlreiche CD- Einspielungen vor.
Darüber hinaus widmet sie sich mit besonderer Vorliebe der Barockmusik und konzertiert mit Formationen wie dem Freiburger Barockorchester oder dem Balthasar-Neumann-Ensemble.